În mod foarte diferit în funcție de diverse circumstanțele exterioare ale acestui conflict.
În timpul șederii la Madrid, începând din 18 iulie 1936 și până în momentul când și-a găsit un refugiu la legația Republicii Honduras, a trebuit să renunțe la orice semne exterioare de preoție din cauza persecuțiilor religioase și ca mulți alți preoți în aceeași situațiile a trebuit să oficieze liturghia în mod clandestin.
În toate felurile, de îndată ce împrejurările i-au cerut-o, nu a ezitat să arate că era preot pentru a oferi ajutor spiritual oricui îi cerea acest lucru, știind că își punea viața în pericol pentru că ar fi putut fi trădat și denunțat.
La 30 august 1936, Sf. Josemaría și Juan Jiménez Vargas erau ascunși în str. Sagasta, la Madrid, la Manolo Sáinz de los Terreros. Acesta invitase la el pe un văr de-al său. José Manuel Sáinz de los Terreros, care nu știa că Sf. Josemaría era preot. Câțiva am mai târziu acesta a povestit ceea ce li s-a întâmplat când milițiile revoluționare au venit pe neașteptate să facă percheziție.
«Au răscolit peste tot, din pivniță până în pod. După ce au răscolit pivnița au luat etajele la rând. Înainte de a ajunge la al nostru am apucat-o pe scara de serviciu ca să ne cățărăm în podul plin de praf de cărbuni și de vechituri, ca orice mansardă. Nu puteam sta în picioare pentru că ne-am fi lovit cu capul de tavan. Era o căldură insuportabilă. La un moment dat ne-am dat seama că răscoleau în mansarda de alături.
În această situație, Pr. Josemaría s-a apropiat de mine și mi-a zis: Sunt preot, suntem la mare ananghie, dacă vrei mă denunți, faci act de căință și eu te iert. În mod absolut inexplicabil, după ce au răscolit toată casa n-au intrat în mansarda noastră. A avut mare curaj să-mi spună că era preot căci aș fi putut să-l trădez și dacă ar fi intrat aș fi putut să-mi salvez viața denunțându-l» VÁZQUEZ DE PRADA, A., El Fundador del Opus Dei. Vida de Josemaría Escrivá de Balaguer, Vol. II: Dios y Audacia, Rialp, Madrid 2002, pp. 31-32..
La legația Republicii Honduras era în măsură să-și exercite mai ușor activitatea clericală predicând și celebrând liturghia pentru cei care se refugiaseră acolo.
În această legație putea să scrie prietenilor și cunoștințelor sale într-un limbaj cifrat, desigur, din cauza cenzurii poștale. Pentru a vorbi despre Isus Cristos, de pildă, vorbea despre „Don Manuel”, iar el însuși devenise „bunicul”.
Începând din 1937 circula mai ușor prin Madrid cu acte false. Cu toate acestea își risca viața predicând exerciții spirituale mereu în clandestinitate, chiar dacă își luat toate măsurile de precauție necesare. Se ocupa de câteva comunități religioase ascunse la persoane particulare și oferea Sfintele Taine, mai cu seamă cea a împărtășanie și miruia bolnavilor, dându-se drept medic. Așa a făcut la căpătâiul tatălui lui Alvaro del Portillo când l-a uns cu sfântul mir.
Împrejurările s-au schimbat în timpul șederii sale la Pamplona și Burgos, după ce a străbătut Pirineii pe jos. A rămas la Burgos vreme de un an și trei luni, din 1 ianuarie 1938 până în martie 1939 [când s-a terminat războiul]. Începând cu acel oraș a desfășurat o intensă activitate pastorală: s-a deplasat peste tot pentru a-și susține prietenii, cei mai mulți dintre ei plecați pe diferite teatre de operațiuni militare.
—Cfr. VÁZQUEZ DE PRADA, A., El Fundador del Opus Dei. Vida de Josemaría Escrivá de Balaguer, Vol. II: Dios y Audacia, Rialp, Madrid 2002. Cap. 10.
Iată ce ne spune Pedro Casciaro despre șederea Sf. Josemaría la Burgos în 1938: «A consacrat mult timp reluării contactelor cu membrii Opus Dei răspândiți pe diferite teatre de război și s-a preocupat spiritual de ei. A străbătut toată Peninsula în condiții vitrege, cu o sănătate fragilă, cu multe vicisitudini și într-o sărăcie extremă (CASCIARO, P., Soñad y os quedaréis cortos. Testimonio sobre el fundador de uno de los miembros más antiguos del Opus Dei. Prefață a Mons. Javier ECHEVARRÍA, Rialp, Madrid 1994, p. 164).